В прошлом великий воин Сефирот уничтожил деревню, куда он прибыл вместе с Заком и Клаудом в поисках своей матери. После этого он направился в горы к реактору Мако, где находилась его мать Женова. Беспокоясь о своём отце, туда побежала девушка по имени Тифа Локхарт, а затем туда отправились и солдаты Зак и Клауд.

События разворачиваются в промежутке между оригинальной игрой «Final Fantasy VII» и фильмом «Final Fantasy VII: Дети пришествия». История фокусируется на том, как Дензел, один из центральных персонажей фильма, справляется с разрушением Сектора 7 и его жизненными трудностями до того момента, как он встречает Клауда.

Молодой Джейк Адельштейн приезжает в Японию и устраивается криминальным репортёром в крупнейшую англоязычную газету страны. На протяжении многих лет он погружается в мрачные аспекты японской жизни. В итоге его работа приводит к встрече с главарём якудза.

Прошло два года с тех пор, как команда отважных бойцов во главе с Клаудом Страйфом спасла мир от ужасного злодея Сефирота. В наступившем мире Клауд решил отойти от дел и нашел убежище в приюте для сирот, надеясь забыть о жестоких сражениях прошлого среди детей.

Однако покой оказался недолгим: таинственная болезнь начала поражать жителей планеты, а в окрестностях появился загадочный незнакомец по имени Кададж, явно замышляющий что-то недоброе. Его планы каким-то образом связаны с беззащитными сиротами, среди которых Клауд искал умиротворение.

Карапт ФМ — это для них всё. Когда крупнейшая пиратская радиостанция Брэнтфорда прекратила своё вещание, ребята из Карапт ФМ решают отправиться в захватывающее путешествие в Японию, чтобы найти богатство и достичь успеха.

Кэйта Идзуми начинает производство черного инжира на удаленном острове Сисикари, который переживает тяжелые времена из-за упадка промышленности и сокращения населения. Все идет успешно, и правительство намерено выделить грант в размере 5 миллиардов иен для поддержки сельской экономики. Жители острова полны надежд, но их спокойствие нарушается с появлением Муцуо Омисаки.

Кэйта и его товарищи — Дзюн Танабэ и полицейский Синъитиро Мория — с недоверием относятся к новоприбывшему. Когда исчезает дочь Кэйты, они подозревают Муцуо, убивают его и прячут тело. Вскоре выясняется, что Муцуо был серийным убийцей, и на Сисикари приезжают следователи, чтобы поймать его.

Кэй Куроно продолжает участвовать в загадочной игре, стремясь набрать 100 очков, чтобы вернуть к жизни своего погибшего друга Като. Тем временем известная певица Эрика Аюкава получает посылку с маленьким чёрным шаром, который приказывает ей убить четверых человек. Параллельно журналист Сигэта пытается понять, почему тела погибших в метро так и не были найдены.

Двое неудачливых грабителей, решивших совершить преступление в канун Рождества, переоделись в костюмы Санта-Клаусов и ограбили банк. Однако, когда они вышли на улицу, оказалось, что их план был нарушен: их машина была эвакуирована. Не теряя времени, они бросились в метро и, чтобы избавиться от улик, спрятали сумку с деньгами в одной из кабинок камеры хранения. Но, как вскоре выяснилось, это решение оказалось далеко не самым удачным...

Студент Кэй Куроно и его друг Като Масару гибнут под колесами поезда метро, пытаясь спасти человека, упавшего на рельсы. После смерти они оказываются в загадочной комнате вместе с несколькими другими недавно погибшими людьми и большим черным шаром по имени Ганц. На передней части шара загорается надпись: «Ваши старые жизни закончились. Как распорядиться вашей новой жизнью - решать мне. Это закон.» Шар выдает присутствующим оружие и специальные костюмы. С этого момента Кэй, Като и остальные вынуждены выполнять жуткие задания - уничтожать инопланетных захватчиков и зарабатывать баллы.