Доктор Кэндзо Тэнма — выдающийся хирург, работающий в Германии. Однажды ему удается спасти жизнь тяжело раненому мальчику. Этот инцидент становится отправной точкой для серии загадочных убийств. Спустя годы Кэндзо вновь встречает того, кого он когда-то спас от неминуемой гибели.

Ронин по имени Мандзи уже давно хотел бы уйти из этого мира, но загадочная старушка заразила его кровяными червями, которые способны исцелять раны и даже восстанавливать отрубленные конечности. По наводке той же старушки, к бессмертному ронину приходит девушка по имени Рин. Она просит его помочь ей отомстить за смерть отца, убитого Кагэхисой Аноцу и членами школы Итто-рю, которая не уважает традиции и стремится подчинить себе все другие школы владения мечом.

Сюжет разворачивается вокруг многолетнего противостояния между Галактической империей и Альянсом свободных планет. В грандиозной битве участвуют тысячи космических кораблей и миллионы солдат с обеих сторон. Руководят этими армиями два выдающихся полководца, которые являются непримиримыми врагами.

31 год спустя после Третьей мировой войны и ядерной атаки на японскую столицу, на месте разрушенного Токио построен новый город – Нью-Токио. Внешне кажется, что все под контролем, но на самом деле страна превратилась в профашистское государство, жестоко подавляющее любые попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические эксперименты над людьми с целью создания идеального оружия.

Военные, в лице полковника Сикисимы, который руководит проектом биологических экспериментов, вступают в конфликт с правительством. Тем временем в стране набирает силу религиозный культ, поклоняющийся сверхчеловеку по имени Акира, чье появление, как считается, способно решить все проблемы Японии.