После победы над последним Ангелом, NERV сталкивается с ещё более мрачной угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную базу нападают боевики Seele. Рэй объединяется с Лилит, а Синдзи предстоит принять решение — продолжит ли человечество своё существование или нет.

В 2038 году был отправлен в путь седьмой корабль класса «Новый Макросс», на борту которого находился город колонистов. Руководить этим кораблем поручили Максу Джениусу, ветерану Первой Космической войны.

На «Макроссе 7» образуется рок-группа под названием «Fire Bomber», в которой главными вокалистами становятся молодой музыкант Басара Нэкки и дочь капитана корабля, Милен Джениус.

Во время своего путешествия колонисты сталкиваются с новым противником, и в этих сражениях начинают играть важную роль музыкальные способности Басары и Милен.

Война, охватившая всю галактику, наконец-то завершилась, и люди вернулись к мирной жизни. Журналисты начали интересоваться прошлым участников группы Fire Bomber. В это время мэр Мирия, пару раз чихнув, приходит к выводу, что страдает неизвестной и неизлечимой болезнью, и решает заняться устройством личной жизни окружающих. В то же время к Макросу приближается флот Мильтран.

Главный персонаж возглавляет специальное полицейское подразделение, которое занимается поимкой поджигателей и грабителей в Эдо. Руководя этой полицейской структурой, он использует бывших преступников в роли информаторов, чтобы раскрывать сложные дела.

Молодая певица Мима Киригоэ решает покинуть музыкальную сцену и попробовать себя в телевизионных сериалах, мечтая о карьере актрисы. Однако не все её поклонники одобряют этот шаг. Вскоре она начинает получать странные телефонные звонки, факсы и даже конверт со взрывчаткой. Ситуация усложняется, когда в интернете появляется страница с якобы её личным дневником, что ещё больше запутывает её жизнь.

Юта и Рикка посещают старшую школу, наслаждаясь подростковыми годами и романтическими отношениями. Но их безмятежное время вместе оказывается под угрозой, когда Тока сообщает, что собирается увезти Рикку в Италию, чтобы они могли жить вместе. Не желая расставаться с любимой, Юта сталкивается с непростой дилеммой. Друзья, видя его отчаяние, предлагают ему неожиданное решение — сбежать с Риккой и сохранить их любовь вопреки всем преградам.

Синдзи постепенно привыкает к роли пилота боевой машины «Ева-01», когда в его жизни появляются новые девушки-пилоты. Мари, загадочная британка, и Аска, энергичная немка, искренне наслаждаются своей работой. Аска, как и Синдзи, переезжает в квартиру к Мисато и начинает учиться вместе с ним и Рэй. В это же время в NERV возвращается старый знакомый Мисато, Рёдзи Кадзи, и она не слишком рада его видеть. Пока молодые пилоты успешно сражаются с Ангелами, между ними всеми складываются непростые отношения.