Действие фильма разворачивается в 1942 году, спустя несколько месяцев после того, как союзники сумели расшифровать код машины «Энигма». На оккупированных территориях нарастает волна антинацистского сопротивления. Команда знаменитой подводной лодки, которой теперь командует новый капитан Клаус Хоффман, сталкивается с еще более суровыми испытаниями и военными столкновениями.

«Подводная лодка» повествует о трудном выборе, борьбе за выживание, границах человеческих эмоций и жестокой реальности жизни во времена бессмысленной войны.