Действие фильма разворачивается в 1942 году, спустя несколько месяцев после того, как союзники сумели расшифровать код машины «Энигма». На оккупированных территориях нарастает волна антинацистского сопротивления. Команда знаменитой подводной лодки, которой теперь командует новый капитан Клаус Хоффман, сталкивается с еще более суровыми испытаниями и военными столкновениями.

«Подводная лодка» повествует о трудном выборе, борьбе за выживание, границах человеческих эмоций и жестокой реальности жизни во времена бессмысленной войны.

После трёх лет, проведённых в интернате, Ханна возвращается к отцу, чтобы помочь ему летом. Однако жители деревни, полные суеверий, начинают подозревать её и её мать, пропавшую много лет назад, в колдовстве.

Во время Второй мировой войны четверо евреев укрываются от преследования нацистской Германии, находясь прямо в центре Берлина.