История разворачивается в Японии XVI века, во времена эпохи Сэнгоку, когда страна погрузилась в хаос бесконечных гражданских конфликтов.

Молодой талантливый боксёр Лео Кацураги узнаёт, что у него неизлечимая опухоль мозга. В это время коррумпированный полицейский Отомо и якудза Касэ замышляют кражу партии наркотиков, намереваясь свалить вину на наркозависимую проститутку Монику, которая вынуждена работать, чтобы погасить долги своего отца. Однако их тщательно спланированную операцию случайно нарушает Лео. Он решает помочь Монике, которую преследуют, и одним точным ударом вырубает Отомо. Теперь за Лео и Моникой начинают охотиться все преступные элементы Токио.

34-летний Сусуму Накоси некогда трудился в страховой компании, а теперь живёт на улице, ночует в машине и страдает от амнезии, не чувствуя эмоций. Однажды студент-медик Манабу Ито убеждает его принять участие в необычном эксперименте, который включает сверление отверстия в черепе. Сусуму соглашается, и после операции обнаруживает удивительное: закрывая правый глаз, он начинает видеть гомункулов левым глазом.