2015 год, Токио-3. Пятнадцать лет назад произошёл Второй удар, в результате которого Антарктида растаяла, Земля пережила глобальную катастрофу, и большая часть человечества была уничтожена. Теперь планету атакуют Ангелы — таинственные существа, противостоять которым могут только гигантские роботы серии «Евангелион», созданные с помощью биотехнологий.

Четырнадцатилетний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью капитана Мисато Кацураги парень добирается до подземной штаб-квартиры NERV, и единственное, что он хочет сказать отцу — это как сильно его ненавидит. Однако на месте выясняется, что Синдзи должен немедленно сесть в робота и сражаться с Ангелом.

После победы над последним Ангелом, NERV сталкивается с ещё более мрачной угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную базу нападают боевики Seele. Рэй объединяется с Лилит, а Синдзи предстоит принять решение — продолжит ли человечество своё существование или нет.

Через предательство и кровопролитие к власти взошел новый правитель. Его демоны-союзники творят несправедливость, пока однажды ночью в город не приходит воин, закованный в тяжелую броню. Этот человек, покрытый шрамами и вооруженный до зубов, называет себя Чёрным Мечником. Его меч огромен, как и его ненависть к королю и его демонической свите.

Воздушный флот организации WILLE успешно выполняет операцию в Париже: отражает нападение армии беспилотных роботов, активирует огромный уплотнительный столб, восстанавливает город и захватывает боеприпасы и запчасти для «Евангелионов». В это время Синдзи, потерявший волю к жизни после смерти Каору и почти устроенного им Четвёртого удара, вместе с Рэй следует за Аской. Вскоре они оказываются в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди стараются наладить мирную жизнь.

Синдзи выходит из комы, в которую он впал, когда пытался спасти Рэй от Ангела, поглотившего её. Он обнаруживает, что на его шее теперь надет сдерживающий ошейник. К тому же, Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Выясняется, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Несмотря на утверждения Мисато, что Рэй больше не существует, она появляется на новом боевом роботе серии «Марк» и освобождает Синдзи с воздушного линкора WILLE.

14-летний Синдзи Икари становится пилотом робота серии «Евангелион». Синдзи — сын главы организации NERV, Гэндо Икари. Он замкнут и не любит общаться, что усугубляется сложными отношениями с отцом. Не только Синдзи, но и другие молодые пилоты, а также взрослые сотрудники NERV, сталкиваются с похожими трудностями. Руководство организации скрывает от них истинные цели проекта, что добавляет напряженности в их жизни.

Синдзи постепенно привыкает к роли пилота боевой машины «Ева-01», когда в его жизни появляются новые девушки-пилоты. Мари, загадочная британка, и Аска, энергичная немка, искренне наслаждаются своей работой. Аска, как и Синдзи, переезжает в квартиру к Мисато и начинает учиться вместе с ним и Рэй. В это же время в NERV возвращается старый знакомый Мисато, Рёдзи Кадзи, и она не слишком рада его видеть. Пока молодые пилоты успешно сражаются с Ангелами, между ними всеми складываются непростые отношения.