События фильма разворачиваются в 2036 году, спустя два десятилетия после того, как радиоактивное загрязнение в результате аварии на атомной станции превратило центральную часть Японии в пустыню, пропитанную радиацией. Благодаря достижениям генной инженерии появились люди, которые с самого рождения были устойчивы к радиации. Эти люди стали членами нового отряда спецназначения под названием «Коппелион». Три школьницы, входящие в этот отряд, отправляются в опустевший город Токио, чтобы найти выживших и выяснить истинные причины катастрофы, произошедшей двадцать лет назад.