События разворачиваются в бета-линии времени. Ринтаро Окабэ, пытаясь спасти свою возлюбленную через путешествия во времени, в итоге случайно лишает её жизни. Страдая от посттравматического стресса и чувства вины, он обнаруживает программу, которая позволяет загружать человеческое сознание в искусственный интеллект. К его удивлению, существует цифровая версия его погибшей девушки.

Акихабара – удивительное место, где можно встретить самых разных людей – от слегка странноватых до совершенно сумасшедших. Именно такая разношерстная компания собралась в Лаборатории проблем времени, расположенной над магазином старых телевизоров. Возглавляет её 18-летний Ринтаро Окабэ, безумный учёный и борец с мировыми заговорами. В команде не обойтись без хакера – им является Итару Хасида, который, как полагается, толстяк и настоящий отаку. Добрая душа лаборатории – Маюри Сиина, подруга детства Ринтаро, официантка в мейд-кафе и фанатка косплея. Научную мощь коллектива значительно усилила юный гений Курису Макисэ, которая жаждет интеллектуальных приключений и простого человеческого тепла.

Команде удалось создать машину времени из обычной микроволновки и барахла, купленного на ближайшей распродаже. Великие открытия часто совершают любители, а профессионалы строят «Титаники». Однако после этого начались такие события, что дедушкин парадокс нервно отошел покурить в сторонке, а главный герой трижды проклял тот день, когда решил открыть врата Штейна. Он был готов рисковать своей жизнью, но не чужими. Хотя, как известно, сделанного не воротишь. Или все-таки можно?

Семнадцатилетний Рюдзи, которого все сторонятся из-за его грозного выражения лица, испытывает чувства к своей однокласснице Минори. В то же время его соседка Тайга испытывает симпатию к Китамуре. Они решают помочь друг другу завоевать сердца своих избранников, но возможно, что их чувства направлены не на тех людей?

Старшеклассница Судзуко Хомура возвращается в Икэбукуро с теплыми воспоминаниями о своей подруге детства Тинацу Морикаве и с нетерпением ждет встречи с ней. Однако, поступив в новую школу, она сталкивается с трудностями в общении с одноклассниками. Чтобы завести друзей, Судзуко решает освоить популярную карточную игру WIXOSS. Приобретя колоду карт и открыв ее, она с удивлением обнаруживает, что изображенная на одной из карт девушка начинает двигаться и говорить: "Люди, выбранные в качестве селекторов, должны сражаться за контроль над пятью монетами, в которых заключены все их воспоминания. Если они смогут вернуть все монеты, они выйдут победителями и покинут игру. Но в случае поражения их ждет «Лострейдж»."

Знатоки знают, что искусство ниндзюцу не исчезло в эпоху Токугава, а лишь ушло в подполье, распространяя слухи о своём конце. В наши дни ниндзя служат правительству, проходя обучение под прикрытием обычных школ. Одной из таких школ является токийская академия Хандзо. Здесь под руководством Кирия-сэнсэя обучаются пять девушек: простодушная Асука, утончённая Икаруга, смелая Кацураги, одноглазая Ягю и очаровательная Хибари. Недавно Асука успешно сдала очередной экзамен, и чтобы отпраздновать это событие, сэнсэй отправляет учениц на, казалось бы, несложное задание в торговом районе. Однако вскоре становится ясно, что в Японии много девушек-ниндзя, и далеко не все из них придерживаются идеалов добра, справедливости и государственной службы.

В альтернативной реальности Японии сегунат Токугава не потерпел поражения в войне Босин, а наоборот, укрепил свою власть. В мировых войнах доблестные самураи успешно уничтожили корабли и самолеты западных захватчиков, и к началу XXI века страна продолжает придерживаться политики изоляции и шовинизма. У подножия священной горы Фудзи расположена академия Буо, где обучают будущую элиту нации. Здесь студенты одинаково искусно владеют катанами и мобильными телефонами, нагинатами и цифровыми камерами. Школьный Совет возглавляют наследники 25-го сегуна — Ёсихико и Сэн Токугава. Воинские искусства занимают важное место в учебной программе академии, поэтому сюда переводится 16-летний Мунэакира из семьи Ягю, известных придворных наставников пути меча.

«Тварь ли я дрожащая или право имею?» - этот вопрос волновал людей во все времена. Но лишь к некоторым приходили таинственные посланники, предлагая многое, а о цене договариваться потом. Так и студент-экономист Кимимаро Ёга, бедный как церковная мышь, получил заманчивое предложение, от которого не смог отказаться. Странный человек вручил ему черную кредитку банка Мидас – пропуск в загадочный Денежный город, виртуальный мир, где финансовые сделки проходят как гладиаторские бои. Каждый участник, помимо начального капитала, получает авуара – магического помощника, созданного из его собственного подсознания. Всё это Ёга узнал, уворачиваясь от ударов своего противника и своего авуара Масю, симпатичной девицы-эльфа с рожками. Интересно, что они выиграли!

Кимимаро получил много денег и, хотя продолжал жить в скромных условиях и работать на двух работах, почувствовал, что его восприятие мира начинает меняться. Невидимые благодетели предупреждали, что драться нужно регулярно, и отказы не принимаются. Об этом же говорил и Сойтиро Микуни – один из негласных властителей Денежного города и всей Японии, увидевший в талантливом новичке себя в молодости. Он добавил, что если игрок поднимается достаточно высоко, то меняется не только восприятие мира – он может изменять реальность. Как использовать эту силу и зачем она нужна – Кимимаро должен понять сам. Но принесет ли счастье проклятое золото Мидаса?

Шестнадцать лет назад в Японии был принят закон, направленный на воспитание детей и поддержание общественного порядка, который запретил любое поведение, выходящее за рамки человеческой нравственности. Это привело к тому, что в обществе возник культ добродетели и морали, а также были созданы специальные школы. В одну из таких школ, где пропагандируют благопристойность и вежливость, поступает Танукичи Окума.

Прошел год с тех пор, как Ринтаро Окабэ сумел стабилизировать мировую линию, где никто из его друзей не погибает. Однако частые путешествия во времени, которые он тогда совершал, создали множество побочных эффектов. Со временем это привело к тому, что Ринтаро исчез из этого мира. Единственная, кто его помнит, — его девушка Макисэ. Будучи выдающимся физиком, она начинает искать способы вернуть своего возлюбленного обратно.