События разворачиваются в бета-линии времени. Ринтаро Окабэ, пытаясь спасти свою возлюбленную через путешествия во времени, в итоге случайно лишает её жизни. Страдая от посттравматического стресса и чувства вины, он обнаруживает программу, которая позволяет загружать человеческое сознание в искусственный интеллект. К его удивлению, существует цифровая версия его погибшей девушки.