События разворачиваются в бета-линии времени. Ринтаро Окабэ, пытаясь спасти свою возлюбленную через путешествия во времени, в итоге случайно лишает её жизни. Страдая от посттравматического стресса и чувства вины, он обнаруживает программу, которая позволяет загружать человеческое сознание в искусственный интеллект. К его удивлению, существует цифровая версия его погибшей девушки.

Акихабара – удивительное место, где можно встретить самых разных людей – от слегка странноватых до совершенно сумасшедших. Именно такая разношерстная компания собралась в Лаборатории проблем времени, расположенной над магазином старых телевизоров. Возглавляет её 18-летний Ринтаро Окабэ, безумный учёный и борец с мировыми заговорами. В команде не обойтись без хакера – им является Итару Хасида, который, как полагается, толстяк и настоящий отаку. Добрая душа лаборатории – Маюри Сиина, подруга детства Ринтаро, официантка в мейд-кафе и фанатка косплея. Научную мощь коллектива значительно усилила юный гений Курису Макисэ, которая жаждет интеллектуальных приключений и простого человеческого тепла.

Команде удалось создать машину времени из обычной микроволновки и барахла, купленного на ближайшей распродаже. Великие открытия часто совершают любители, а профессионалы строят «Титаники». Однако после этого начались такие события, что дедушкин парадокс нервно отошел покурить в сторонке, а главный герой трижды проклял тот день, когда решил открыть врата Штейна. Он был готов рисковать своей жизнью, но не чужими. Хотя, как известно, сделанного не воротишь. Или все-таки можно?

Однажды в небе открылся портал между мирами, через который в наш мир проникли два существа с невероятной силой. Они начали сражаться друг с другом, оставляя за собой хаос и разрушения. В результате их битвы образовался загадочный разлом, который решают исследовать двое учёных. Однако после второй экспедиции они бесследно исчезают. Спустя годы их дети решают отправиться на поиски пропавших родителей.

Старшеклассник Нагасуми Митисио отправляется на летние каникулы к бабушке, чей дом расположен на побережье залива Сэто. Во время плавания у него сводит ногу, и он начинает тонуть. Нагасуми наверняка утонул бы, если бы не вмешалась молодая русалка.

Сан-тян спасает его, но теперь перед Нагасуми, Сан и их семьями встает сложная дилемма: никто не должен узнать о существовании русалок, поэтому либо Сан-тян, либо Нагасуми должны погибнуть. Однако есть еще один выход: Сан и Нагасуми могут пожениться, тогда их семьи станут родственниками, а между родственниками не бывает секретов.

Ученик средней школы, вооруженный бейсбольной битой, совершает серию нападений на людей, появляясь буквально из ниоткуда. Первой его жертвой становится молодая дизайнер Цукико Саги, создательница популярного персонажа Мароми. За расследование берутся двое детективов, которые вскоре осознают, что это дело не похоже ни на одно другое.

Прошел год с тех пор, как Ринтаро Окабэ сумел стабилизировать мировую линию, где никто из его друзей не погибает. Однако частые путешествия во времени, которые он тогда совершал, создали множество побочных эффектов. Со временем это привело к тому, что Ринтаро исчез из этого мира. Единственная, кто его помнит, — его девушка Макисэ. Будучи выдающимся физиком, она начинает искать способы вернуть своего возлюбленного обратно.