Эта сложная история берет своё начало, когда молодой полубог из Греции решает бросить вызов всем небожителям. Однако откликается на этот вызов лишь Посейдон. Как владыка морей, он отлично понимает, что никто не сможет сравниться с его мощью.

Черепашки-ниндзя продолжают противостоять коварным замыслам загадочного клана, возглавляемого их давним противником Шреддером. Их путь полон неожиданных событий, которые унесут героев в панцирях в космические просторы, феодальную Японию и даже в виртуальную реальность.

В этом фильме Черепашки-ниндзя сталкиваются с необычным событием: они встречают своих версий из мультсериала 1980-х годов. Вместе, объединив силы, они сражаются против двух Шреддеров, стремясь одержать победу.