После развода родителей, в жизни Маши появляется новый отец. Её привычный мир рушится, а попытки создать новый сталкиваются с сопротивлением со стороны сводной сестры Насти. Маша оказывается в комнате, которая раньше принадлежала матери Насти, и боль от её утраты всё ещё остра и невыносима. Годы идут, но вражда между сёстрами не утихает...

Маша и Володя – молодая пара, которая безумно влюблена друг в друга и не может представить жизни отдельно. Однако на дворе война, и сохранить их отношения становится невероятно сложно. Впереди их ждут многочисленные испытания и преграды, которые им придется преодолеть вместе. Они столкнутся с необходимостью проверить свою любовь и выдержать все тяготы военного времени, чтобы понять, насколько крепки их чувства.

На одном из светских мероприятий Павел Гричихин, журналист и главный редактор Интернет-издания, посвященного помощи женщинам, пережившим домашнее насилие, замечает хрупкую, бледную девушку. Она беззвучно шепчет ему: «Помогите…». Позже он видит ту же девушку, принимающую лекарства под пристальным взглядом своего мужа. Павел осознает, что здесь скрывается нечто большее, и решает во что бы то ни стало выяснить правду и спасти девушку.

Фильм "Оккупация. Мистерии" рассказывает три истории, каждая из которых разворачивается на фоне военных действий.

В первой истории, "Адам и Ева," Адам решает присоединиться к партизанам. По пути в лес он заходит к своему другу и встречает там обворожительную Еву, перед которой не может устоять.

Во второй истории, "Мать," женщина, потерявшая своего ребенка, находит раненого солдата врага и начинает ухаживать за ним.

В третьей истории, "Отец," мальчику-сироте не по душе, что у его матери появился новый мужчина. Партизаны используют доверчивость ребенка, чтобы расправиться с человеком, которого они считают предателем.