Вскоре перед 57-й экспедицией за пределы стен, сотрудница военной полиции Энни Лайонхарт получает задание разыскать пропавшую дочь состоятельного человека.

Когда с андроидами-авторейвами начинают происходить странные события, Рил Мейер из разведывательной службы берется за расследование. В то же время сотрудника управления авторейвов Винсента Лоу начинает преследовать загадочный гуманоид Прокси. Пути Рил и Винсента неизбежно пересекаются.

Главный персонаж возглавляет специальное полицейское подразделение, которое занимается поимкой поджигателей и грабителей в Эдо. Руководя этой полицейской структурой, он использует бывших преступников в роли информаторов, чтобы раскрывать сложные дела.