Инопланетянка по имени Харуко Харухара случайно сталкивается на своем скутере с учеником начальной школы Наотой Нандабой. Однако, чтобы достичь желаемого результата, она ударяет его по голове своей гитарой. В результате на месте удара у Наоты появляется шишка, из которой вскоре вырастает робот.

Альтернативная реальность, напоминающая начало XX века. У девочки по имени Сита есть Летающий Камень, за которым гоняются правительственные агенты и пираты из-за его огромной ценности. В попытках убежать от преследователей, Сита знакомится с мальчиком по имени Падзу, который трудится в шахтерском городке. Вместе они раскрывают тайну, что Камень является ключом к загадочному летающему острову Лапута.