Япония, XXII век. С целью предотвращения преступлений была создана система под названием Sibyl, которая позволяет объективно оценивать уровень угрозы от каждого гражданина. Это достигается путем анализа их психического состояния на предмет наличия признаков преступных намерений. Эта методика получила название Психопаспорт. За соблюдением закона следят инспекторы, которые имеют право незамедлительно применять оружие при малейшем подозрении на недоброжелательность со стороны гражданина.

В недалеком будущем Земле угрожают Нойз — загадочные существа, превращающие органику в углерод. Обычное оружие против них бессильно, поэтому единственной надеждой человечества становятся девушки, способные с помощью песни активировать древние кристаллы и облачаться в неуязвимые Симфо-доспехи. Однако кристаллов мало, а подходящих кандидаток еще меньше. Правительство Японии запустило программу поиска под прикрытием музыкальной академии Лидиан, но это не сильно помогает.

До недавнего времени основную тяжесть борьбы с Нойз несли Канадэ Амо и Цубаса Кадзанари, известные как дуэт «Два крыла». Но ничто не вечно. Во время одного из концертов началась массированная атака Нойз, и Канадэ пожертвовала собой, чтобы спасти девочку, не успевшую эвакуироваться. Этой девочкой оказалась Хибики Татибана, которая выжила. Спустя два года выяснилось, что части артефакта Канадэ, попавшие в её тело, позволяют ей вызывать собственную, хоть и несовершенную версию Симфо-доспеха.

Хибики, прямая и непосредственная, твёрдо решает отдать долг и включиться в защиту родины. Цубаса, ожесточённая после гибели подруги, поначалу не хотела слышать о новой напарнице, но суровая реальность показала, что в одиночку много не навоюешь. Так появилась новая команда «боевых принцесс», и что будет дальше — мы скоро узнаем!

В 2046 году полицейского Росса Сайлибуса направляют на Марс. По прибытии, прямо в аэропорту, он становится свидетелем убийства знаменитой певицы, которая оказывается запрещённым биороботом третьего поколения. Местная сотрудница полиции Наоми Армитаж решает присоединиться к расследованию.

Борьба Макото и команды SEES с загадочными существами, известными как Тени, приближается к своему апогею. Герои ведут отчаянные битвы, стремясь навсегда покончить с Тёмным Часом. К ним присоединяется таинственный студент по обмену, и с каждым новым днем судьба дарит им всё новые испытания. Взаимоотношения в команде становятся всё напряжённее.