После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил один в огромном поместье. Выросший 16-летним парнем, он стал добрым, трудолюбивым и хозяйственным, поэтому его окружали заботой сразу две девушки — школьная подруга Сакура Мато и учительница Тайга Фудзимура, которая формально была его опекуном, но фактически скорее старшей сестрой. Все изменилось, когда Сиро узнал, что его родной город Фуюки является ареной магической битвы за Святой Грааль, которая повторяется раз в несколько поколений. Однако мир ускоряется, и с последней войны прошло всего 10 лет — и уже настало время новой.

Согласно древним законам, в этой «королевской битве» участвуют семь Мастеров-магов, каждый из которых вызывает Слугу — одного из великих героев прошлого или будущего. Последний оставшийся Мастер получает Грааль — величайшее сокровище, исполняющее любое желание. Правил нет, цель оправдывает средства, и вчерашний друг может стать соперником, предать и ударить в спину. Узнав правду, Сиро оказывается перед трудным выбором — уйти и отказаться от борьбы или рискнуть и поставить на карту все: свой небольшой (как он считает) магический дар, горячее сердце и отчаянное желание спасти всех, кто ему дорог. Но решающим фактором станут зеленые глаза из далекого прошлого, засиявшие той самой ночью.

Идет ожесточенная битва за Святой Грааль. Сакура Мато, не в силах справиться с тяжестью своих поступков, превращается в темную сущность. Сиро Эмия, несмотря на знание всей правды, решает защищать её до последнего вздоха. Он намерен следовать своему пути справедливости до самого конца. Вместе с Рин Тосакой он стремится положить конец войне за Святой Грааль.