После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил один в огромном поместье. Выросший 16-летним парнем, он стал добрым, трудолюбивым и хозяйственным, поэтому его окружали заботой сразу две девушки — школьная подруга Сакура Мато и учительница Тайга Фудзимура, которая формально была его опекуном, но фактически скорее старшей сестрой. Все изменилось, когда Сиро узнал, что его родной город Фуюки является ареной магической битвы за Святой Грааль, которая повторяется раз в несколько поколений. Однако мир ускоряется, и с последней войны прошло всего 10 лет — и уже настало время новой.

Согласно древним законам, в этой «королевской битве» участвуют семь Мастеров-магов, каждый из которых вызывает Слугу — одного из великих героев прошлого или будущего. Последний оставшийся Мастер получает Грааль — величайшее сокровище, исполняющее любое желание. Правил нет, цель оправдывает средства, и вчерашний друг может стать соперником, предать и ударить в спину. Узнав правду, Сиро оказывается перед трудным выбором — уйти и отказаться от борьбы или рискнуть и поставить на карту все: свой небольшой (как он считает) магический дар, горячее сердце и отчаянное желание спасти всех, кто ему дорог. Но решающим фактором станут зеленые глаза из далекого прошлого, засиявшие той самой ночью.

В княжестве Совилль, расположенном в центре альтернативной Европы 20-х годов, после Первой мировой войны наступило затишье. Простые люди заняты заработком на жизнь, а элита ищет развлечений. В известной академии Св. Маргариты обучаются дети знатных семей. В эту школу из союзной Японии переводится Кадзуя Кудзё, младший сын в семье военных. Местные ученики, склонные к мистицизму и суевериям, сразу же прозвали черноглазого новенького «ангелом смерти» и начали избегать его.

В попытке развеять скуку, Кадзуя однажды забредает в огромную башню школьной библиотеки и неожиданно встречает очаровательную девочку с золотыми волосами, одетую в костюм «готической лолиты». Удивительно, но новая знакомая уже давно его ждала!

Оказалось, что Викторика, внебрачная дочь местного аристократа, фактически заточена в академии, как в золотой клетке. Единственным развлечением для ее острого ума были визиты сводного брата Гревиля де Блуа, который, от нечего делать, пошел работать в полицию и благодаря помощи Викторики стал известен как гениальный детектив. Но с появлением Кадзуи все изменилось. Викторика почувствовала вкус свободы и радость от возможности лично разгадывать криминальные головоломки. Теперь ни одиночки, ни тайные общества не могут противостоять новой великой детективше и ее верному спутнику, какими бы хитрыми они ни были.

Обычный японский подросток Сиро Эмия жил себе спокойно в родном городе Фуюки, пока внезапно не оказался втянутым в войну между Мастерами-магами за Святой Грааль. Маг из Сиро был так себе, и шансы на выживание казались невелики. Но смерть еще не на пороге, а его союзница – белокурая красавица Сэйбер – уже рядом, и общение с ней куда приятнее! К тому же, школьная королева Рин Тосака неожиданно оказалась коллегой-Мастером и отличной девушкой. Правда, ее слуга Арчер – тот еще зануда, но это можно стерпеть.

Сиро не стремился к главному призу и категорически не хотел никого убивать, но, как говорится, на войне как на войне. Раз нельзя избежать, значит, нужно возглавить. Вот так наш герой и ввязался в борьбу за Грааль.

Эмия Сиро - молодой маг, обучающийся в Академии Хомурахара в городе Фуюки. Однажды он становится свидетелем битвы между сверхчеловеческими существами, сражающимися за Святой Грааль. Этот ритуал требует, чтобы маги призывали Мастеров и их слуг для участия в сражении. Сиро решает помешать главному злодею завладеть Граалем и спасти невинных жителей города. Однако ситуация выходит из-под контроля, когда загадочная Тень начинает хаотично убивать людей в Фуюки, сея хаос и разрушение.

Идет ожесточенная битва за Святой Грааль. Сакура Мато, не в силах справиться с тяжестью своих поступков, превращается в темную сущность. Сиро Эмия, несмотря на знание всей правды, решает защищать её до последнего вздоха. Он намерен следовать своему пути справедливости до самого конца. Вместе с Рин Тосакой он стремится положить конец войне за Святой Грааль.

Война за Святой Грааль представляет собой эпическое противостояние, в котором маги и вызванные ими легендарные герои прошлого сражаются насмерть ради исполнения единственного желания.

Сиро Эмии оказался в крайне затруднительном положении: в ход событий вмешивается загадочное существо в маске, а его верная союзница, Слуга Сэйбер, исчезает. Война, казалось бы, уже проиграна, но он не может просто так сдаться, ведь битва магов угрожает жизням обычных людей. В это время Дзокэн Мато, маг, который до этого момента лишь наблюдал за происходящим, решает действовать.

Так продолжается история искажённой и безумной Войны за Святой Грааль, неразрывно связанной с судьбой Сакуры Мато.