Какэру Сацуки вырос в детском доме. Когда его старшая сестра покончила с собой, десятилетний мальчик утратил желание жить и выжил только благодаря поддержке другой сироты, Юки. Прошло семь лет. Юка счастлива в приемной семье Минасэ, а Какэру живет один, но учится в одном классе с подругой детства. Однако из-за детских травм и повязки на правом глазу главный герой остается мрачным и нелюдимым. Кроме Юки, он свободно общается в классе лишь с несколькими людьми – местным шутником Тадаси и его строгой подругой Каори. Именно с ними Сацуки и Минасэ отправились на распродажу в местный супермаркет. Но они так и не дошли. В одно мгновение мир окрасился багровым, а на небе появилась черная луна. Город Аямэгаока остался, но люди исчезли. Так началось знакомство героев с миром Красной Ночи.

Молодой мечник Тацуми, родом из деревни, отправляется в столицу, надеясь заработать деньги для своего голодающего поселения. Однако, прибыв туда, он обнаруживает, что величественная и красивая столица — это всего лишь иллюзия. Город погряз в коррупции, жестокости и беззаконии, и всему виной премьер-министр, который тайно управляет страной.

Команда вновь объединяется спустя восемь лет после предыдущих событий. Создается впечатление, что ничего не изменилось.

В одном японском городке с детства жила дружная компания "семья Кадзама", состоящая из четырех парней и трех девчонок. Однако главный персонаж аниме — вовсе не Сёйти Кадзама по прозвищу Капитан, а тактик группы и всеобщий любимец Ямато Наоэ. Для чего группе нужен тактик? Дело в том, что почти все герои и героини — потомки самураев, мастера боевых искусств, и проблемы привыкли решать, как их предки в эпоху Сэнгоку. В старшей школе Каваками самурайский дух в почете, и к веселой компании присоединились симпатичные и способные девушки. Но главная проблема героя остается нерешенной!

Когда-то Ямато признался в любви Момоё Каваками — на год старшей заводиле группы, яркой и сильной девушке, внучке директора местной академии. Момоё ответила, что тоже любит Ямато, но как младшего брата. Годы шли, Момоё стала еще красивее и заслужила славу лучшего бойца в округе, но менять отношения с Наоэ она не собирается. В мире самураев желаемое завоевывают, но что делать герою, который не дотягивает до боевой элиты? Очень просто — использовать ум и победить не только свою возлюбленную, но и всех подруг, которые давно имеют свое мнение насчет личной жизни Ямато!

Известно, что императоры Японии ведут свой род от великой богини Аматэрасу. Однако некоторые авторы полагают, что непрерывная мужская линия императорской семьи, существующая на протяжении тысячелетий, является лишь прикрытием. На самом деле, по их мнению, божественная сила передается по женской линии! Женщины-наследницы, носившие фамилию Цукуёми, издавна жили в уединенных храмах и вступали в браки с родственниками для сохранения чистоты крови. Чтобы не утратить силу богини, они должны были полностью отказаться от земных страстей, в то время как их братья с детства обучались служению сестрам-жрицам. Но однажды эта система дала сбой...

Исанами, молодая жрица, направляется в замок Уэда после того, как её храм сгорел, а монахи и служители были убиты синоби. Перед смертью отец-настоятель посоветовал ей искать защиты у Юкимуры Санады. По пути Исанами сталкивается с Киригакурэ Сайдзо, самураем без хозяина, и просит его помощи, так как одна она не сможет добраться до земель Санады, а зловещие ниндзя следуют за ней по пятам. Сайдзо сначала не хочет связываться с беспомощной девушкой, но в конце концов соглашается – то ли из жалости, то ли из-за обещанной миски гречневой лапши.

Так начинается их совместное путешествие к замку Уэда, ко двору Нобусигэ Санады, к месту в «Десятке отважных», множеству невероятных подвигов и бессмертной славе мастеров ниндзюцу.

«Эй, ты ведь хотел, чтобы у тебя была сестрёнка?» — неожиданно услышал Басара Тодзё от своего отца. И тут же добавил, что решил снова жениться. Но это ещё не всё: спустя всего пару дней отец уезжает за границу, оставляя Басару одного с двумя новыми милыми сестрёнками. Однако, к удивлению или ужасу, эти две очаровательные девушки оказываются далеко не такими обычными, как и сам Басара вместе с его отцом.

Идет ожесточенная битва за Святой Грааль. Сакура Мато, не в силах справиться с тяжестью своих поступков, превращается в темную сущность. Сиро Эмия, несмотря на знание всей правды, решает защищать её до последнего вздоха. Он намерен следовать своему пути справедливости до самого конца. Вместе с Рин Тосакой он стремится положить конец войне за Святой Грааль.

Война за Святой Грааль представляет собой эпическое противостояние, в котором маги и вызванные ими легендарные герои прошлого сражаются насмерть ради исполнения единственного желания.

Сиро Эмии оказался в крайне затруднительном положении: в ход событий вмешивается загадочное существо в маске, а его верная союзница, Слуга Сэйбер, исчезает. Война, казалось бы, уже проиграна, но он не может просто так сдаться, ведь битва магов угрожает жизням обычных людей. В это время Дзокэн Мато, маг, который до этого момента лишь наблюдал за происходящим, решает действовать.

Так продолжается история искажённой и безумной Войны за Святой Грааль, неразрывно связанной с судьбой Сакуры Мато.