В детстве Дзин Микурия обожал играть в старом синтоистском храме под вечнозеленой священной нагеей. Мальчик вырос, храм снесли, а дерево срубили. Художник-любитель Дзин, обладающий тонким восприятием природы и склонностью к сверхъестественному, попросил кусок священного дерева, чтобы вырезать из него статую девушки. Обняв свое творение, Дзин вознес горячую молитву богам, прося их простить людей за неразумные поступки. И, конечно же, произошло чудо – кусок дерева превратился в прекрасную девушку по имени Наги, земное воплощение богини-хранительницы этих мест.

Привыкнув к новому миру, Наги поняла, что ее силы ослабли, и для выполнения своих обязанностей ей понадобится активная помощь нового знакомого. Погрузившись в размышления о стратегии борьбы со злом, богиня не заметила, как Дзин, заскучав, включил телевизор и наткнулся на аниме жанра «махо-седзе». Это было знаком судьбы, понимаете ли... С этого момента Наги решила вести жизнь обычной школьницы, а в свободное время бороться за любовь и справедливость на своей территории, назначив бедного Дзина на роль местного защитника.

Два клана ниндзя — Ига и Кога — издавна враждовали между собой. Мечи сверкали, кровь лилась реками, пока местный лорд Хаттори Ханзо не положил конец этой древней вражде, заключив договор, запрещающий вражду. Шли годы, и хотя вековая ненависть немного угасла, она все же продолжала тлеть в сердцах непримиримых. Все изменилось, когда между кланами возникли двое влюбленных — юноша и девушка, решившие вступить в союз и тем самым положить конец многолетним распрям.

Однако судьба оказалась жестокой. Правители, воспользовавшись враждой Ига и Кога в своих интересах, разорвали договор о ненападении. Было приказано, чтобы от каждого клана выступили по десять воинов-ниндзя, которые будут сражаться до последней капли крови. Победителем станет тот, кто выживет в этой смертельной битве.

Пятнадцатилетняя Томоко Куроки прекрасно ориентируется в отомэ-играх, аниме и ранобэ. Она с нетерпением ожидает перехода в старшую школу, полагая, что благодаря своему богатому опыту общения в видеоиграх, сможет стать душой компании. Однако реальность оказывается совсем другой: Томоко — замкнутая одиночка, которая испытывает трудности в общении с людьми, за исключением своей семьи и единственной подруги. Поняв, что одноклассники не стремятся заводить с ней дружбу, она решает, что нужно что-то менять.

Старшеклассница Котоко Айхара безнадежно влюбилась в Наоки Ириэ, самую яркую звезду школы. На протяжении двух лет она изо всех сил старалась попасть в престижный класс «А», где учится её возлюбленный, но так и осталась в обычном классе. Котоко — добрая девушка, но не слишком удачливая в учебе. Наступил выпускной год.

В отчаянии, Котоко написала Наоки любовное письмо, вложив в него все свои чувства. Однако Наоки отказался его читать на глазах у всех, заявив, что ему не интересны "глупышки". Котоко почувствовала, что её мир рухнул. И как назло, дом семьи Айхара, построенный экономным отцом-одиночкой, разрушился из-за небольшого землетрясения. Когда Котоко узнала, что им временно придется жить у старого друга отца, некоего Ири-тяна, ей было уже всё равно.