История молодого парня по имени Магуночи Иппо, который учится в японской школе. Вместо того чтобы проводить свободное время, как большинство его сверстников, Иппо помогает своей матери. В школе его часто дразнят из-за специфического запаха, который он приобретает от рыбацкого бизнеса семьи. Жизнь Иппо полна трудностей. Но однажды, когда над ним снова издеваются, его спасает боксер по имени Такамура. Этот случай вдохновляет Иппо, и он решает пойти по стопам Такамуры, мечтая стать боксером. Теперь у Иппо появляется цель в жизни.

Алхимия — это наука, позволяющая преобразовывать материю из одной формы в другую. Основной закон этой науки гласит: чтобы получить что-то, нужно отдать что-то равноценное. Эдвард и Альфонс Элрики, сыновья выдающегося алхимика, были всего лишь детьми — 11 и 10 лет соответственно — когда решили, что знают достаточно, чтобы воскресить свою умершую мать. Однако попытка завершилась трагедией: Эдвард потерял ногу, а Альфонс исчез полностью. Лишь ценой своей правой руки Эдварду удалось вернуть душу брата и прикрепить её к старинным доспехам.

Снабдив себя металлическими протезами вместо утраченных конечностей, Эдвард вместе с Альфонсом покидает родной дом. Он поступает на государственную службу, чтобы получить доступ к ресурсам армии. С этого момента братья с ещё большим рвением стремятся разгадать тайну человеческого преобразования, надеясь вернуть свои тела в прежнее состояние. Их цель — легендарный философский камень, который позволяет обойти закон равноценного обмена. Однако вскоре они обнаруживают, что не они одни охотятся за этим артефактом, и что оказались втянутыми в опасную игру...

Нарушив главное табу алхимии и пытаясь вернуть к жизни свою мать, талантливые братья Элрики заплатили огромную цену: младший, Альфонс, потерял своё тело, и теперь его душа заключена в стальных доспехах, а старший, Эдвард, лишился руки и ноги, и вынужден использовать протезы - автоброню. Благодаря своим выдающимся способностям, Эдвард получил звание государственного алхимика, став частью военной структуры государства. Теперь у него появилась возможность вернуть Альфонсу его настоящее тело.