Гинтоки вынужден на время скрывать свою личность, чтобы избежать столкновения с тайной организацией убийц «Нараку». Чтобы подтвердить свои догадки, он проникает в их логово, но там его уже поджидает неожиданный посетитель.

Обычный японский школьник Хикару после уроков решает заглянуть на дедовский чердак в поисках чего-нибудь интересного и полезного. Кто бы мог подумать, что старый стол для игры в го станет судьбоносной находкой, кардинально изменившей его жизнь?

По воле случая Хикару обнаруживает вещь, в которой обитает дух Сая, многие десятилетия мечтавший освободиться. В эпоху феодальной Японии, будучи выдающимся мастером игры в го, он оказался заключён в доску. И вот теперь, когда мир вокруг изменился до неузнаваемости, а его спасителем стал обычный японский школьник, дух наконец-то обретает долгожданную свободу.

После захвата Земли инопланетянами Аманто, было введено запрещение на ношение мечей. Единственный, кто сохранил истинный японский дух, — это самоуверенный и сладкоежка Гинтоки Саката. Неуклюжий юноша в очках по имени Симпати стал его учеником. К их команде присоединилась очаровательная Кагура из могущественной семьи Ятудзоку, вместе со своим питомцем Садахару — огромным псом, который любит грызть головы всем, кто попадется на пути. Они называют себя мастерами на все руки и берутся за любые задания, лишь бы за них заплатили.

Академия Кросс известна своими строгими и необычными порядками: ученики посещают занятия в разное время. Днем учатся обычные студенты, а после захода солнца - элитный ночной класс, состоящий из привлекательных молодых людей в ослепительно белой форме. Конечно, дневные учащиеся не должны знать, что их ночные сверстники - вампиры.

Чтобы сохранить эту тайну и обеспечить безопасность дневных студентов, приемные дети ректора академии, Юки и Зеро, исполняют обязанности старост. Их задача - предотвращать любые контакты между учащимися разных потоков. Однако это нелегко, ведь старшеклассниц притягивает к загадочным ночным студентам, а вампиры тоже не против более близкого знакомства с ними.

Зловещая организация «Инферно» стремительно захватывает власть, устраняя одного за другим боссов американской мафии с помощью легендарного киллера по прозвищу «Фантом», который никогда не терпит поражений. О загадочном убийце известно немногое, кроме его имени, так как те, кто видел его в деле, уже не могут ничего рассказать. Однако молодой японец Рэйдзи, случайно оказавшийся свидетелем одной из операций, узнает то, что скрыто от опытных бандитов и спецслужб.

Рэйдзи, странствующий в одиночку по США, должен был стать очередной жертвой, но босс «Инферно», наблюдавший за происходящим, остановил Фантома в последний момент. Поведение Рэйдзи перед лицом смерти впечатлило боссов, и ему дали второй шанс. Промыв ему мозги и стерев память, новые хозяева решили, что его быстрые рефлексы и воля к жизни сделают его отличным исполнителем. Когда Рэйдзи очнулся в неизвестном месте, перед ним появилась милая девушка по имени Айн («первая») и предложила сыграть в игру на выживание.

Эта девушка и была тем самым легендарным Фантомом. Но Рэйдзи оказался не так прост, и, достойно сдав последний экзамен (хотя противница явно поддавалась), получил кодовое имя Цвай («второй») и был принят в ученики к Айн. Оба они, несмотря на потерю памяти, сохранили здравый рассудок и вскоре поняли, что такая жизнь не может продолжаться долго. Оставался лишь один вопрос — ждать или стрелять первым?

Среди людей существуют эсперы, обладающие различными сверхъестественными способностями. Те, кто не обладает такими способностями, относятся к эсперам с настороженностью. Чтобы улучшить отношение к себе и своим товарищам, эспер Аманэ вместе со своими друзьями устраивает магические представления. Однако сила девушки привлекает внимание одного из ученых. В стремлении изучить способности Аманэ, он приказывает своим подручным напасть на ее подругу.

Существует два мира — мир живых и мир духов. С каждым годом люди становились все более занятыми и бездушными, утрачивая веру в духов и способность их видеть. Однако с древних времен среди людей есть те, кто может видеть и слышать духов, взаимодействовать с ними и контролировать их. Эти люди служат связующим звеном между мирами и называются шаманами.

На фестивале фейерверков японская старшеклассница по имени Миё, переживающая из-за развода родителей и несправедливости мира, в порыве эмоций пожелала, чтобы всё исчезло. В этот момент она встречает таинственного продавца, который дарит ей волшебную маску. Эта маска позволяет Миё превращаться в белую кошечку. В новом облике она проводит время с одноклассником Кэнто, который в школе упорно игнорирует её знаки внимания. Однако загадочный продавец не оставляет Миё в покое и пытается убедить её остаться в кошачьем обличье навсегда.