События происходят в огромном городе Академия-сити и сосредоточены вокруг Акселератора – самого могущественного из семи эсперов пятого уровня. После того как он получил серьезные травмы, спасая «Последний заказ», герой утратил большую часть своих способностей. Теперь он вынужден восстанавливаться в больнице, ведя спокойную и размеренную жизнь. Однако все меняется с появлением загадочной Эстель Розенталь, которая втягивает его в конфликт с организацией, стремящейся использовать «Последний заказ» в своих зловещих целях. Теперь судьба всего мегаполиса зависит от Акселератора и его новой спутницы.

Девушка по имени Эия Аракава решает встретиться с Югой Отой, который оставил её подругу ради другого парня. Во время их встречи она узнаёт, что Юга одержим идеей иметь рабов. Он предлагает ей рискованное предприятие с использованием устройства SCM, которое воздействует на человеческое сознание и может превратить человека в раба.

Цубаса Арихара поступает в старшую школу и вскоре обнаруживает, что там нет бейсбольного клуба. Она решает создать спортивную команду для девочек, но сталкивается с серьёзным препятствием — школьный совет не поддерживает её амбициозную идею. После преодоления разногласий, Цубаса приглашает в команду всех желающих, независимо от уровня их подготовки. По мере того, как члены клуба начинают тренировки, в разнородной группе начинают возникать первые конфликты и ссоры.