«Смерчи» снова в действии, но теперь каждый из них действует самостоятельно. Рассказ идет о жизни героев — Бати, Багиры, Кота, Бизона, Физика, Муры и Пригова. Каждый из них несет ответственность за себя, будь то в отпуске, на особом задании или под прикрытием. В эти моменты рядом нет коллег из «Смерча», и рассчитывать можно только на собственные силы.

Для выявления и предотвращения угроз государственной безопасности, при президенте и правительстве РФ создается контртеррористический центр. В его составе действует специальное подразделение под названием «Смерч».

«Смерч» объединяет семь высококвалифицированных специалистов, способных работать в самых экстремальных условиях, будь то сложная местность, нехватка времени или сильное противодействие. Большинство членов команды (Батя, Багира, Кот, Бизон, Физик, Пригов) ранее служили в «Морских дьяволах» и теперь перешли в КТЦ. Исключение составляет Мура, которая присоединилась непосредственно к «Смерчу».

Эта группа оснащена самыми современными видами оружия и специальной техникой. В «Смерче» работают не только бойцы спецподразделений, но и ученые, программисты, психологи. Сотрудники МВД, ФСБ и Министерства Обороны обязаны выполнять приказы этой команды.

Оперуполномоченный из Старой Руссы по имени Илья Чугунов, известный под прозвищем Чингачгук, начинает расследовать серию убийств молодых девушек и искать маньяка. В этом ему помогает его верный друг — конь по кличке Фома.