Сериал вдохновлен деятельностью настоящего детективного агентства, созданного в 1860-х годах на Диком Западе под руководством Аллана Пинкертона. В его команде работали сын Уильям и первая женщина-детектив в истории США, Кейт Уорн. Пинкертон получил известность не только благодаря расследованию преступлений на Диком Западе, но и благодаря использованию методов внедрения в преступные группы, наблюдения за подозреваемыми и фотографий в профиль и анфас, которые стали классикой детективного дела.

В свои тридцать лет Хибато Митико сталкивается с отсутствием перспектив в жизни. Компания, в которой она работала, закрылась, и поиск новой работы оказался сложным. Как будто усугубляя ситуацию, Митико тратит все свои сбережения на молодого человека, которого считает своим парнем. Однако однажды она случайно встречает своего бывшего начальника Куросаву Аюму. Несмотря на то, что их отношения в прошлом были не самыми гладкими, он предлагает ей работу в своём ресторане.

Актер боевиков Дайсукэ Татэиси, переживший тяжелую травму на съемках, стал замкнутым и отстраненным от окружающего мира. Однажды в его жизни появляется старшеклассница Аюми, которую преследуют китайский брокер и якудза из-за земли, где она живет с дедушкой. Дайсукэ решает встать на защиту девушки и помочь ей.

Маленький прибрежный городок в Индонезии, переживший разрушительные последствия войны и цунами, пытается встать на ноги. Ацуко и её сын Такаси, занятые восстановлением своего дома, однажды находят на берегу мужчину. Тот говорит немного по-японски и по-индонезийски. Мать и сын решают назвать его Рау, что на индонезийском означает "море," и берут его под своё крыло. С течением времени вокруг Рау начинают происходить странные и необычные события.

Когда работа отца вынуждает Каору Нисиме переехать в Сасебо, префектура Нагасаки, он оказывается в непростой ситуации: новая старшая школа, где сложно завести друзей, особенно если ты интроверт, носишь очки и увлекаешься классической музыкой. Однако Каору неожиданно находит общий язык с бунтарём Сэнтаро Кавабути и красавицей Рицуко Мукаэ. Постепенно он влюбляется в Рицуко, и благодаря её влиянию начинает играть джаз.

Братья Элрики сталкиваются с серийным убийцей, у которого на лбу есть шрам.

В стране Аместрис алхимия считается точной наукой и широко используется. Два брата, Эдвард и Альфонс Элрики, в детстве попытались с её помощью воскресить умершую мать, но это обернулось трагедией. Эдвард потерял руку и ногу, а Альфонс лишился всего тела. В последний момент Эдвард сумел спасти душу брата, привязав её к стальным рыцарским доспехам. Теперь они вместе ищут философский камень, чтобы вернуть Альфонсу его тело: Эдвард со стальными протезами, а Альфонс — в виде говорящих доспехов.

Братья Элрики оказываются перед лицом потусторонней опасности.