Фильм "Оккупация. Мистерии" рассказывает три истории, каждая из которых разворачивается на фоне военных действий.

В первой истории, "Адам и Ева," Адам решает присоединиться к партизанам. По пути в лес он заходит к своему другу и встречает там обворожительную Еву, перед которой не может устоять.

Во второй истории, "Мать," женщина, потерявшая своего ребенка, находит раненого солдата врага и начинает ухаживать за ним.

В третьей истории, "Отец," мальчику-сироте не по душе, что у его матери появился новый мужчина. Партизаны используют доверчивость ребенка, чтобы расправиться с человеком, которого они считают предателем.