История начинается с загадочного исчезновения частного сыщика Гарри Гудмана, которое предстоит расследовать его 21-летнему сыну Тиму. В этом деле ему помогает бывший напарник отца, разговорчивый детектив Пикачу, который сам по себе загадка. Оказавшись способными каким-то чудесным образом общаться, Тим и Пикачу отправляются на поиски улик по неоновым улицам Райм Сити – современного мегаполиса, где люди и покемоны живут бок о бок. На своем пути они встречают самых разных покемонов и раскрывают зловещий заговор, который угрожает разрушить мирное сосуществование и поставить под угрозу всю вселенную покемонов.