Двадцать лет спустя после того, как Зира и Корнелиус сбежали с Планеты Обезьян, на Земле исчезли все собаки и кошки. Люди начали заводить обезьян вместо домашних питомцев, а затем, заметив их способность быстро учиться, начали обучать их выполнять простую работу по дому. К 1991 году Америка превратилась в страну, где обезьяны стали рабами. Владелец цирка Армандо приезжает в город с Цезарем, единственным сыном обезьян из будущего, которого считали погибшим. Армандо попадает в руки властей, решивших продолжить дело Зиры и Корнелиуса. Цезарь, потрясенный жестокостью и несправедливостью, с которой сталкиваются его сородичи, использует свой высокий интеллект и способность говорить, чтобы противостоять этому миру.

В 3978 году космический корабль с землянами терпит аварию на отдаленной планете. Оставшиеся в живых астронавты поражаются, насколько эта планета напоминает их родную Землю. Вскоре они обнаруживают, что здесь обитают разумные обезьяны, а люди деградировали до состояния животных. Обезьяны захватывают астронавтов и подвергают их жестоким пыткам. Один из астронавтов, благодаря помощи доброжелательной девушки-шимпанзе, совершает побег и узнает страшные тайны этой планеты.