Двадцать лет спустя после того, как Зира и Корнелиус сбежали с Планеты Обезьян, на Земле исчезли все собаки и кошки. Люди начали заводить обезьян вместо домашних питомцев, а затем, заметив их способность быстро учиться, начали обучать их выполнять простую работу по дому. К 1991 году Америка превратилась в страну, где обезьяны стали рабами. Владелец цирка Армандо приезжает в город с Цезарем, единственным сыном обезьян из будущего, которого считали погибшим. Армандо попадает в руки властей, решивших продолжить дело Зиры и Корнелиуса. Цезарь, потрясенный жестокостью и несправедливостью, с которой сталкиваются его сородичи, использует свой высокий интеллект и способность говорить, чтобы противостоять этому миру.

Когда её подруга неожиданно оказывается в коме после простой операции, молодая врач Сьюзен Уилер начинает подозревать, что это не случайность. Вскоре она обнаруживает, что в бостонской больнице, где она работает, здоровые пациенты слишком часто получают диагноз «смерть мозга» прямо на операционном столе. Пытаясь понять, что происходит, и связать между собой все эти случаи, доктор Уилер сталкивается с сопротивлением со стороны главного анестезиолога, который явно недоволен её настойчивыми попытками разобраться в ситуации.