Действие разворачивается спустя много лет после событий первого фильма. Журналист Стенли Маус отправляется на поиски древнего племени котов, о котором ходят легенды и которое скрывается в Африке. Найдя их, он невольно ставит под угрозу существование всей мышиной цивилизации. На помощь снова приходит специальный агент Ник Грабовский, который должен спасти мир и предотвратить катастрофу.