В 2011 году, после продолжительного отсутствия, силы десептиконов снова появляются на Кибертроне с целью захватить Сигма-компьютер. В этот момент он находится в процессе перенастройки и крайне уязвим.

31 год спустя после Третьей мировой войны и ядерной атаки на японскую столицу, на месте разрушенного Токио построен новый город – Нью-Токио. Внешне кажется, что все под контролем, но на самом деле страна превратилась в профашистское государство, жестоко подавляющее любые попытки мятежа. В исследовательских центрах проводятся парапсихологические эксперименты над людьми с целью создания идеального оружия.

Военные, в лице полковника Сикисимы, который руководит проектом биологических экспериментов, вступают в конфликт с правительством. Тем временем в стране набирает силу религиозный культ, поклоняющийся сверхчеловеку по имени Акира, чье появление, как считается, способно решить все проблемы Японии.