Маленькая любопытная рыбка Поньо, дочь волшебника и прекрасной морской богини, решает покинуть свой подводный дом, чтобы узнать больше о жизни людей. В процессе своих приключений она попадает в банку и оказывается выброшенной на берег. Там её находит пятилетний мальчик по имени Сосукэ. Дети быстро становятся друзьями, и Поньо начинает мечтать о том, чтобы стать человеком.