В 21-м веке многие мегаполисы мира были разрушены. Париж, Сидней, Нью-Йорк и Шанхай превратились в руины из-за нашествия гигантских монстров.

Организация Объединенных Наций срочно созывает заседание, чтобы обсудить, как справиться с этой угрозой. В этот момент к Земле приближается огромный космический объект. Его обитатели сообщают, что у нас осталось совсем мало времени, так как к нашей планете летит комета, столкновение с которой приведет к апокалипсису.

Тем временем, во льдах Антарктиды спит Годзилла, который может стать последней надеждой человечества.

В IV веке н.э. Узо, сын императора Кейко, должен был стать следующим правителем. Однако вассал императора, Отомо, решил поддержать сводного брата Узо. Он задумал отправить Узо на верную гибель. Несмотря на это, храбрый Узо сумел одолеть всех врагов и вернулся домой с честью, приняв новое имя — Ямато Такеру. Отомо продолжил плести интриги, но боги поддерживали героя во всех его начинаниях.