Черепашки-ниндзя вновь сталкиваются с угрозой от клана Фут и их лидера Шреддера. С помощью Эйприл О'Нил, профессора Джордана Пери и курьера Кено, героям удается предотвратить распространение опасного мутагена и защитить жителей Нью-Йорка от грозных мутантов Токка и Разара.