Познакомьтесь с Сэмьюелом, Джеффри и Майклом! Их дедушка, Мори Танака, — мастер восточных боевых искусств высшего уровня, который уже несколько лет обучает своих внуков искусству ниндзя.

Неожиданно на горизонте появляется давний враг дедушки, Хьюго Снайдер. За ним охотятся агенты ФБР, один из которых — отец мальчиков. Снайдер планирует похитить сыновей агента, чтобы заставить его прекратить преследование. Для этого он нанимает троих незадачливых помощников.

Однако преступники не ожидали, что мальчики окажутся не такими уж беззащитными. Братья готовы дать отпор и применить все свои навыки ниндзя, чтобы защитить себя и своих близких.

Три отважных ниндзя — Роки, Колт и Там Там — решаются на смелый поступок, чтобы защитить маленькое индейское поселение и своего друга Джо от коварных планов городских властей. Те хотят превратить территорию резервации в свалку токсичных отходов.

Чтобы положить конец этому безобразию, ребятам предстоит отыскать отца Джо и секретный диск с доказательствами незаконных действий влиятельных лиц.