Прошло несколько недель после событий финала мультсериала «Бен 10: Инопланетная сила», когда Вилгакс капитулировал. Бену Теннисону исполнилось 16 лет. Омнитрикс был уничтожен, и теперь ему предстоит освоить Ультиматрикс — новую версию Омнитрикса, предоставляющую доступ ко всем его предыдущим формам и способностям, а также позволяющую развивать их до более мощных версий, известных как Совершенные Формы (Ультимейт).

Любимая детьми по всему миру команда из четырех неутомимых героев пускается в анимационные приключения, справляясь с преступниками, выслеживая негодяев и поедая пиццу с невероятной скоростью.

Команда Квеста сталкивается с современным алхимиком доктором Зином, который создал своих клонов и армию мутантов-рептилий в перуанских джунглях. В результате этой битвы Джонни переживает трагическое событие, которое навсегда меняет его жизнь. Это приводит к захватывающей охоте за Зином по всему миру, включающей изучение древних артефактов и исследование катакомб в компании девочки с великой тайной.