Когда генерал Юкимура сбегает из осаждённой крепости в Осаке, Иясу Токугава приходит в ярость и назначает огромную награду за его голову. Вскоре ему сообщают, что обнаружена лодка с тремя беглецами из города. Иясу приказывает своим ниндзя дождаться темноты и напасть на лодку.

С началом Японо-китайской войны, молодой лейтенант попадает в строго засекреченную школу подготовки разведчиков. Вместе с другими курсантами он проходит через изнурительные тренировки, которые для некоторых оказываются смертельными. Парень осознает, что ему предстоит сделать трудный выбор между собственной жизнью и долгом перед школой и страной.

В 1600 году, после решающей победы при Секигахаре, Токугава, фактически ставший единоличным правителем Японии, принимает решение окончательно уничтожить клан покойного Тойотоми. В рамках этого плана он начинает осаду мощной крепости Осака, где нашли убежище вдова и сын Хидейоши Тойотоми.

После чудесного спасения от смертельной опасности, Ишикава вместе со своим давним товарищем Инухачи, который является мастером краж, настойчиво продолжает попытки внести хаос в политическую обстановку страны. На этот раз их целью становится похищение маленького наследника Тойотоми Хидейоши.

Молодой ниндзя по имени Коджиро отправляется в город Кай, чтобы найти таинственного убийцу. В этом городе он случайно сталкивается с человеком, вооружённым оружием, которое напоминает то, которым убили его отца много лет назад.

Рассказ о ниндзя по имени Исикава Гоэмон, который пытается выжить во время междоусобных войн в Японии.

История рассказывает о легендарном якудза Дзиротё из Симидзу, который сумел подчинить себе весь регион Токайдо.

Вассалы из клана Ако, оставшиеся без своего господина, планируют и воплощают в жизнь месть за его смерть.

Мечта Иясу Токугавы стала реальностью - он и его сын Хидетада теперь правят Японией безраздельно. Однако не все согласны с этим, и последний оставшийся клан ниндзя продолжает предпринимать попытки устранить Иясу в его крепости Санпу.

На перевале Сагато происходит нападение на группу самураев, перевозивших золото. В результате погибают пятеро самураев и якудза, ставший случайным свидетелем. Тело шестого самурая, Куроки Ханбэя, не находят, и его обвиняют в краже золота. Спустя несколько лет пути двух молодых людей пересекаются в поисках Куроки. Один из них, сын убитого якудзы, хочет отомстить за смерть своего отца. Другой же, сын Куроки, стремится оправдать своего отца и снять с него обвинения.

Перед смертью Сайзу успевает открыть своей дочери Юри правду о её происхождении: она была усыновлена и на самом деле является дочерью мятежного правителя Юкимуры. Сын Сайзу клянётся защищать свою сводную сестру-принцессу и в итоге присоединяется к повстанцам, чья цель — ослабить власть сегуната Токугава.

Генерал Ода Нобунага, опасаясь за свою безопасность, решает устранить всех ниндзя в округе. В рамках этого плана он атакует дом в лесу, принадлежащий Ишикаве. Ишикава и его жена успевают спастись, но их сын погибает в пожаре. Ишикава, ставший беглецом, находит убежище у клана Сайга. Охваченный жаждой мести, он начинает обучать воинов клана искусству ниндзюцу, чтобы подготовить их к борьбе с Нобунагой.