На протяжении долгих лет жители небольшого острова в Тихом океане, подвергшегося радиационному воздействию, поклонялись своему божеству — гигантской бабочке Мотре, а также её огромному яйцу, из которого должна была появиться новая Мотра. Всё это продолжалось до тех пор, пока тайфун не обрушился на остров, смыв драгоценное яйцо в море. Оно оказалось у берегов Японии, где его обнаружила команда рыбаков.

Мотра, вместе со своими двумя феями-хранительницами, обратилась к людям с просьбой вернуть яйцо на остров. Однако они получили отказ, так как находка попала в руки крупной корпорации, которая решила превратить её в прибыльный туристический аттракцион. Но когда Годзилла вновь начал сеять хаос в стране, людям пришлось признать свою ошибку и обратиться к Мотре за помощью и защитой.