На протяжении долгих лет жители небольшого острова в Тихом океане, подвергшегося радиационному воздействию, поклонялись своему божеству — гигантской бабочке Мотре, а также её огромному яйцу, из которого должна была появиться новая Мотра. Всё это продолжалось до тех пор, пока тайфун не обрушился на остров, смыв драгоценное яйцо в море. Оно оказалось у берегов Японии, где его обнаружила команда рыбаков.

Мотра, вместе со своими двумя феями-хранительницами, обратилась к людям с просьбой вернуть яйцо на остров. Однако они получили отказ, так как находка попала в руки крупной корпорации, которая решила превратить её в прибыльный туристический аттракцион. Но когда Годзилла вновь начал сеять хаос в стране, людям пришлось признать свою ошибку и обратиться к Мотре за помощью и защитой.

В 21-м веке многие мегаполисы мира были разрушены. Париж, Сидней, Нью-Йорк и Шанхай превратились в руины из-за нашествия гигантских монстров.

Организация Объединенных Наций срочно созывает заседание, чтобы обсудить, как справиться с этой угрозой. В этот момент к Земле приближается огромный космический объект. Его обитатели сообщают, что у нас осталось совсем мало времени, так как к нашей планете летит комета, столкновение с которой приведет к апокалипсису.

Тем временем, во льдах Антарктиды спит Годзилла, который может стать последней надеждой человечества.