Эйприл однажды на распродаже приобрела для Сплинтера старинный японский скипетр, а также другие подарки для своих друзей-черепашек. Вскоре выяснилось, что этот скипетр — не просто древний артефакт, а своего рода машина времени. Однако, для его работы необходимо, чтобы вес путешественников во времени с обеих сторон был одинаков.

Неожиданно скипетр отправляет Эйприл в феодальную Японию, в 1603 год. Черепашки-ниндзя, конечно же, бросаются ей на помощь, но вместо того, чтобы оказаться в храме, где должен был находиться скипетр, они попадают в разгар сражения. В этом хаосе Микеланджело теряет скипетр. Теперь черепашкам предстоит не только спасти Эйприл, но и найти потерянный артефакт. В это время в современном мире тоже происходит немало интересного.