На небольшом острове находится Центр морской биологии, возглавляемый доктором Тарреллом. Ученые сосредоточены на изучении дельфинов афалин, стремясь найти способы общения с ними. Один из дельфинов, по имени Альфа, родился в неволе и сумел не только понять Таррелла, но и научился произносить простые слова. Однако спонсоры исследований решили использовать достижения Таррелла в военных целях.

Двадцать лет спустя после того, как Зира и Корнелиус сбежали с Планеты Обезьян, на Земле исчезли все собаки и кошки. Люди начали заводить обезьян вместо домашних питомцев, а затем, заметив их способность быстро учиться, начали обучать их выполнять простую работу по дому. К 1991 году Америка превратилась в страну, где обезьяны стали рабами. Владелец цирка Армандо приезжает в город с Цезарем, единственным сыном обезьян из будущего, которого считали погибшим. Армандо попадает в руки властей, решивших продолжить дело Зиры и Корнелиуса. Цезарь, потрясенный жестокостью и несправедливостью, с которой сталкиваются его сородичи, использует свой высокий интеллект и способность говорить, чтобы противостоять этому миру.

Будущее приносит множество новых угроз как для людей, так и для обезьян. Под угрозой оказывается само существование этих биологических видов. Постепенно становится ясно, что только совместные усилия и переход на новый уровень взаимодействия могут дать шанс на спасение планеты в предстоящих катастрофах.

Доктор Сидней Шеферт ведет размеренную жизнь психоаналитика, ежедневно выслушивая проблемы своих пациентов. Но однажды один из его клиентов, Дон Мастерс, раскрывает свою настоящую личность — он секретный агент. Мастерс предлагает Шеферту стать психоаналитиком президента США. Воодушевленный таким предложением, Шеферт сразу же соглашается.

Однако доктор не осознает, в какие сложности он ввязывается. Теперь ему известны все секреты, которые хранятся в голове президента, а такая информация — настоящая находка для шпионов со всего мира. Вскоре за Шефертом начинают охотиться разведчики разных стран. В итоге руководители секретной службы и ФБР, обеспокоенные утечкой информации, решают устранить Шеферта.