После того как наемник Саб-Зиро безжалостно убил его семью, Ханзо Хасаши оказался в Преисподней. Там злодей Кван Ци предложил ему сделку: в обмен на преданность и служение он дарует Ханзо шанс отомстить за своих близких. Приняв предложение, Ханзо возвращается к жизни под именем Скорпион, становясь духом, жаждущим возмездия.

В это время на Земле владыка Рейден собирает команду из лучших бойцов: монаха Лю Канга из монастыря Шаолинь, спецназовца Соню Блейд и голливудскую звезду Джонни Кейджа. Их миссия — спасти человечество, победив армию гладиаторов Шан Цуна из Внешнего Мира и одержав верх в турнире, известном как Смертельная битва.

Райдэн, Лю Кан, Джонни Кейдж, Соня Блейд и Джакс возвращаются на Землю и сталкиваются с армией Внешнего мира. Император Шао Кан предъявляет бойцам новый ультиматум: либо они принимают участие в новой смертельной битве, либо его войска захватят планету и уничтожат всё на своём пути.